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水稻引物设计网站-水稻基因组注释数据库

接下来为大家讲解水稻引物设计网站，以及水稻基因组注释数据库涉及的相关信息，愿对你有所帮助。

简述信息一览：

1、引物末端：引物3’端最后一个碱基最好为G或者C；引物 3’端应避免出现发夹结构。引物G+C：含量引物的GC含量控制在40%-60%之间。

2、使用如primer premier 6这样的专业软件，导入CDS序列，进行搜索和设计。软件会分析并推荐合适的引物，展示高级结构信息，帮助我们挑选出最佳组合。

（图片来源网络，侵删）

3、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

4、引物设计的原则是：引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物长度一般在15-30碱基之间。引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。引物3′端要避开密码子的第3位。

5、引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

（图片来源网络，侵删）

通常在最后一轮要适当的将延伸时间延长至4-10min，这样做是使PCR反应完全以提高扩增产量。

PCR扩增克隆法 PCR扩增克隆法是在已知植物基因序列的基础上，进行基因序列克隆的一种方法。先从基因文库（genebank）中找到有关基因序列，据此合成一对寡聚核苷酸引物，从植物中提取染色体DNA或RNA，进行PCR扩增。

通过序列比对和分析，并加上如今丰富的基因组数据库，我们可以很容易的找到和确定目标基因的序列。然后，利用最常用的PCR手段，就能将我们所需的基因片段，从原来的生物基因组中克隆出来。

PCR最有价值的应用领域就是对感染疾病的诊断。理论上，只要样本有一个病原体存在，PCR就可以检测到。在实验中发现，DNA在高温时也可以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。

DNA克隆的第一步是获得包含目的基因在内的一群DNA分子，这些DNA分子或来自于目的生物基因组DNA或来自目的细胞mRNA逆转录合成的双链 cDNA分子。

可以从三方面对目的基因进行鉴定：直接测定：按照目的基因组成制作DNA分子探针进行配对。mRNA测定：根据目的基因组得出其转录的mRNA组成，利用探针检测。

1、首先，我们打开NCBI***页面，在页面上方搜索框中，选择要下载的基因序列类别，这里我们需要选择“Nucleotide”选项。

2、有以下方法：从公共数据库中下载：目前已有人对水稻进行了基因组测序，同时，也有许多水稻的全长cDNA序列被测定并上传到公共数据库中，如NCBI、EnsemblPlants和GRIN-Global等，可以在这些数据库上下载水稻的cDNA序列数据。

3、序列查询服务 NCBI基于序列的检索服务是其最具特色的数据检索方式，最著名的就是BLAST。尽管后台算法基于字符串的匹配，但是其引入了生物学知识（突变概率等）使其具有和其他搜索引擎如lucene不可比拟的效果。

4、呵呵，找到PUBMED，直接输入所查关键词，就能找到文章，点击左上角的链接，就能下到了。但多数文章是不可以下载的，只能看到摘要。想要全文的话再试试google，或者你们图书馆的数据库。

5、GenBank同二楼说的，还有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸数据库，三者各有优缺点，如果要完整菌种的序列，你可以将三者结合使用，希望帮到你。

6、以下是使用blast工具在水稻中找到ACOS5同源序列的步骤：打开NCBI网站，选择“blast”链接。在“blast”页面上，选择“Nucleotide BLAST”选项。

关于水稻引物设计网站，以及水稻基因组注释数据库的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。